1990 m. Lietuvai atgavus nepriklausomybę nuo Sovietų Sąjungos, keli žmonės - pirmoji būsimųjų psichoanalitikų karta - išvyko studijuoti psichoanalizės į Suomiją. Viena iš jų, Stasė Meškauskienė, baigusi studijas, grįžo į Lietuvą ir tęsė psichoanalizės plėtojimo darbus šalyje.
Vilniaus psichoanalitikų draugija įkurta 2006 m. Antroji psichoanalitikų karta studijavo Amsterdame, Han Groen-Prakken Rytų Europos institute.
Pirmieji analitikai, įkūrę Psichoanalizės draugiją: Tomas Kajokas, Aurelija Markevičienė, Vijolė Aputytė, Eugenijus Šarovas, Stasė Meškauskienė, Nomeda Barštienė, Daiva Jakeliūnienė, Rema Židonienė, Jūratė Ulevičienė.
2009 m. Čikagoje vykusiame Tarptautinės psichoanalizės asociacijos (TPA) kongrese Vilniaus psichoanalitikų draugija tapo TPA studijų grupe. 2010 m. buvo įsteigtas mokymo komitetas, o 2011 m. pradėta vykdyti mokymo programa.
Nuotrauka su TPA laiduojančiu komitetu: Aira Laine ir Annelore Werthmann.
2015 m. Vilniuje mokymus baigė pirmoji kandidatų grupė.
Trys iš jų 2017 m. Buenos Airėse vykusiame kongrese buvo patvirtinti TPA analitikais. Vilniaus psichoanalitinė draugija tapo laikinąja draugija.
2015 m. mokymus pradėjo antroji kandidatų grupė. 2023 m. mokymus pradėjo trečioji kandidatų grupė.
Vilniaus psichoanalitikų draugija suvaidino lemiamą vaidmenį plėtojant ir propaguojant psichoanalizę Lietuvoje. Ji siūlo mokymo ir švietimo programas specialistams ir organizuoja renginius, skirtus didinti visuomenės informuotumą ir supratimą apie psichoanalizę.
